AMD COVID-19 HPC Fund fornece Clusters de supercomputação para pesquisadores que combatem o COVID-19

Salvador, 03/06/2020 – A AMD e a parceira de tecnologia Penguin Computing, uma divisão da SMART Global Holdings, anunciaram que a Universidade de Nova York (NYU), a Massachusetts Institute of Technology (MIT) e a Rice University são as primeiras universidades nomeadas para receber sistemas completos de computação de alto desempenho e com tecnologia AMD do AMD HPC Fund para pesquisa COVID-19. A AMD também anunciou que contribuirá com um sistema baseado em nuvem, equipado com os processadores AMD EPYC e AMD Radeon Instinct, localizados na Penguin Computing, fornecendo recursos remotos de supercomputação para pesquisadores selecionados em todo o mundo. Combinados, os sistemas doados fornecerão coletivamente aos pesquisadores mais de sete petaflops de poder computacional que podem ser aplicados no combate ao COVID-19.

“A tecnologia de computação de alto desempenho desempenha um papel crítico na pesquisa viral moderna, aprofundando nossa compreensão de como os vírus específicos funcionam e, finalmente, acelerando o desenvolvimento de potenciais terapias e vacinas”, disse Lisa Su, presidente e CEO da AMD. “A AMD e nossos parceiros de tecnologia têm orgulho de fornecer a pesquisadores de todo o mundo esses novos sistemas que aumentarão a capacidade de computação disponível para combater o COVID-19 e apoiar futuras pesquisas médicas.”

Espera-se que as universidades beneficiadas utilizem a nova capacidade de computação em uma variedade de cargas de trabalho relacionadas a pandemia, incluindo genômica, desenvolvimento de vacinas, ciência da transmissão e modelagem. Além disso, cientistas de todo o mundo que estão realizando pesquisas sobre COVID-19 podem solicitar acesso ao cluster HPC em nuvem remoto da AMD na Penguin Computing enviando propostas para [email protected].

Engajamento das universidades

As universidades receptoras estão preparando seus planos e infraestrutura de pesquisa agora para receber os sistemas, incluindo a definição de projetos de pesquisa específicos que podem ter impacto imediato e de longo prazo.

NYU

“A pandemia do COVID-19 teve um profundo impacto na pesquisa do ensino superior, tanto em termos de direção quanto na necessidade de resultados imediatos, portanto o momento dessa doação é particularmente fortuito e somos tremendamente gratos à AMD”, disse Russel Caflisch, diretor do Instituto de Ciências Matemáticas da NYU Courant. “Os recursos computacionais doados pela AMD serão utilizados por pesquisadores da NYU de uma ampla gama de disciplinas em projetos para abordar as muitas facetas importantes da crise do COVID-19, incluindo: descoberta de medicamentos que podem ser terapêuticos para o COVID-19 e futuras mutações do vírus SARS, recuperação de resultados de pesquisas relevantes da vasta literatura biomédica, análise de imagens médicas para triagem de pacientes e análise de atitudes políticas e comportamento de voto em resposta a dificuldades financeiras.”

MIT

“No MIT, estamos trabalhando para abordar a pandemia global do COVID-19, desde o impacto imediato, como modelagem, teste e tratamento, até o impacto de médio e longo prazo, como a descoberta de novas terapêuticas e vacinas. Quase todo esse trabalho envolve computação, e grande parte requer o tipo de computação de alto desempenho que a AMD oferece tão generosamente com esse presente de uma máquina Petaflop “, diz Daniel Huttenlocher, reitor da MIT Schwarzman College of Computing.

Rice

No Centro de Física Biológica Teórica, o pesquisador da Rice, José Onuchic, está usando seus estudos anteriores sobre influenza A como um guia para explorar como as proteínas de superfície do coronavírus facilitam a entrada nas células humanas, o primeiro passo crítico da infecção. Outro cientista, Peter Wolynes, está usando princípios de suas teorias fundamentais de dobramento de proteínas para rastrear milhares de moléculas de medicamentos e identificar os melhores candidatos a testes clínicos com base em quão bem eles se ligam às proteínas de superfície do vírus.

“O presente da AMD será verdadeiramente transformador para o ataque computacional de Rice ao COVID-19”, disse Peter Rossky, reitor da Escola de Ciências Naturais Wiess de Rice. “Temos métodos para progredir, mas estudos de sistemas grandes e complexos estão na vanguarda da viabilidade computacional. A contribuição da AMD de um poder computacional dedicado e de última geração será uma virada no jogo para acelerar o progresso em direção à derrota deste vírus.”

Parceiros de ecossistemas da AMD

A AMD se uniu à conhecida empresa de soluções de HPC e IA, Penguin Computing, para definir, construir e entregar os sistemas locais e o cluster Penguin on Demand (POD) do Penguin, desenvolvido pela AMD. O suporte ao POD da Penguin Computing será colocado no espaço do data center doado pelo DataBank. Contribuições da Penguin Computing, NVIDIA, Gigabyte e outras pessoas estão ajudando o Fundo AMD HPC a avançar na pesquisa COVID-19.

“A Penguin Computing está ansiosa em apoiar e contribuir com os esforços de pesquisa da COVID-19 por meio dessa colaboração da AMD. Estamos comprometidos em fornecer nossos aplicativos e experiência em tecnologia em computação de alto desempenho, inteligência artificial e análise de dados para a Universidade local e para nossos ambientes remotos de nuvem POD”, disse Sid Mair, presidente da Penguin Computing Inc.

“Velocidades de dados ultrarrápidas e processamento inteligente de dados são essenciais para fornecer insights que a ciência exige, particularmente nesses tempos difíceis”, disse Gilad Shainer, vice-presidente sênior de marketing da Mellanox Networking na NVIDIA. “As soluções InfiniBand da NVIDIA Mellanox HDR 200 gigabit fornecem alta taxa de transferência de dados, latência extremamente baixa e mecanismos de descarregamento de aplicativos que aceleram simulações de biociências e promovem o desenvolvimento de tratamentos contra o coronavírus.”

A Gigabyte está fornecendo seus nós de computação G290-Z21 para os clusters Penguin, construídos em torno de um único processador AMD EPYC 7642 de 48 núcleos, emparelhado com oito aceleradores de GPU Radeon Instinct MI50. Os nós de gerenciamento do sistema R182-291, também da Gigabyte, utilizam dois processadores AMD EPYC 7302 de 16 núcleos.

O compromisso da AMD com a pesquisa COVID-19

O fundo AMD COVID-19 HPC foi criado para fornecer às instituições de pesquisa recursos de computação para acelerar a pesquisa médica sobre o COVID-19 e outras doenças. Além das doações iniciais de US$ 15 milhões em sistemas de computação de alto desempenho, a AMD contribuiu com recursos técnicos e tecnológicos para quase o dobro do sistema de pico do sistema “Corona” no Laboratório Nacional Lawrence Livermore, que está sendo usado para fornecer energia computacional adicional para modelagem molecular em apoio à pesquisa COVID-19.